中药炮制是根据中医中药理论，按照医疗、调配和制剂的不同要求，对中药所采取的各种加工处理技术。其目的在于降低或消除药物的毒性或副作用，便于服用，提高疗效。然而，受经济利益的驱动，忽视了我国历代医药学家在长期从事医疗实践中逐步积累起来具有传统特色的工艺。
中药饮片不纯净。中药饮片是所有方剂的原料，被称为“三大支柱”的中间环节，处于重要位置。中药药用部分需要净选、除去药物中的泥沙、夹杂物以及霉败品，分离其不同的药用部位。而有些中药饮片生产商，为了节省人力、物力和财力，都一一省去了这些必要的工序，将皮、茎、根、须混为一团，粗制滥造，甚至以次充好，以劣充优，参杂使假，不仅严重地扰乱了医药市场，更严重的是影响了临床用药安全有效。
辅料标准不统一。药物在炮制过程中，往往需要加入一些辅料与药物一起共制，目的在于消除有害物质，发挥有利作用。如酒、醋、盐、蜂蜜等，同一味中药，经过添加不同的辅料炮制后起的作用各异。由于没有一个统一的辅料标准，该用蜂蜜的用红糖，该用食盐的用工业盐，该用米酒的用白酒，甚至用矿物酒精代替白酒。再如油、盐、糖制药要因病而宜：高血脂病人，应注意少用动物油炮制的药品，高血压、心血管之类的病人应慎用盐制药品，糖尿病患者不能服用糖制药品，同时还应注意液体辅料的浓度、数量，固体辅料的使用次数、存放时间等。都直接或间接地影响到中药炮制的质量，如果只是象征性的添加辅料，形式上的中药炮制，不仅起不到协同作用，还会造成相反的作用。
炒焦、炒炭法不卫生。中药炮制中的炒法是将药物置于炒锅内，用中火加热，翻炒至药面焦黄；而炒炭法则是武火加热，翻炒至药面焦黑色，其目的主要是对一些原生药材以制其苦寒性。但是，现代卫生科学告诉我们原生药材炒制加热冒烟，一般说温度已超过200℃，这时含油脂的药材其油脂迅速氧化，结果不仅破坏了油脂价值，而且产生大量有害物质。
有毒有害物质熏润漂制中药不可取。如用硫磺熏制药材，硫磺有毒，属于外用药，用硫磺熏制过的中药，或多或少地含有硫磺化合物，因此，不仅不卫生，还对人体有害。还有用明矾制中药，明矾的主要成分为硫酸钾铝，含有大量铝元素，而水解制药又有一定浓度，制出的中药便含有相当量的铝元素，对人体有害。或用灶心土或焦黄土炮制中药，灶心土主要成分为硅酸盐、钙盐及多种碱性氧化物，而焦黄土经反复使用后其性质与灶心土成分大体相同，在加热的过程中，灶心土、焦黄土中的焦糊物质及一些重金属也随之“入侵”中药表面，对人体有害。
对变质中药处理后再使用不可靠。变质中药主要指虫蛀、发霉、变色、走油的中药。当前，对变质的中药，通常采取的方法是处理后再当正品使用，其主要方法有：一是对虫蛀过的中药进行筛、捡、烘、晒、除去虫卵；二是对发霉的中药，采取水洗、喷液、烘烤和暴晒除霉；三是对变色的中药实行白酒淋、硫磺熏使其变白转色。对于变质的中药，以上这些措施都无济于事，特别是霉变、虫蛀的中药，它不仅降低或失去了药用价值，而且变质滋生了有毒有害物质，经过处理后不可能完全解决问题。