文山壮族苗族自治州生物多样性资源较为丰富。近年来，州委、州政府强力推进三七、烤烟、辣椒等特色生物产业发展，努力把文山建成以三七为主的国家级生物资源加工基地。
三七是文山壮族苗族自治州特有的生物资源。通过抓基地发展、项目落地、龙头企业培育和科技创新，三七产业呈现强劲发展势头。2012年，实现总产值100.29亿元，实现销售收入136.65亿元;三七标准化种植面积达12.5万亩，占总面积的78%。从抓好重大项目入手，加快推进省级产业园区及云药基地——文山三七产业园区建设。全州有12户以三七为原料的加工企业，生产药品、保健品、日用化学品、食品4大类85个品种155种规格的三七系列产品，实现工业总产值23.96亿元。三七制品已进入全国各城市医院及药店销售，以日本、泰国、越南等为重点的国际市场得到不断拓展，为云南省中药材产业的发展树立了典范。同时，还大力发展重楼、石斛、红豆杉、银杏等20多个中药材品种的种植，在丘北建成全国最大的人工红豆杉种植基地。
辣椒是文山州特色农产品之一。多年来，文山州致力于推动辣椒产业大发展，初步实现了规模化、基地化、标准化，成为带动千家万户增收致富的大产业。2012年，全州辣椒种植面积达到145万亩，实现产值22.4亿元。辣椒产业中经认定的州级以上农业产业化龙头企业有19户，开发出辣椒系列产品40多个。有辣椒交易市场5个，成为全国极具影响力的辣椒交易、加工集散地之一。丘北辣椒以其优良品质受到国内外消费者的欢迎，产品不仅销往国内各地，还远销美国、日本、韩国等多个国家和地区，近年来每年出口创汇达3000多万美元。
文山州是“世界优质烟叶黄金产区”之一，是“云南黄金走廊”的生态特色烟区，全州境内有780多万亩宜烟种植面积。近年来，文山州建设了名扬全省乃至全国的现代烟草农业新烟区。2012年，全州共收购烟叶150万担，实现烟农收入16亿元，分别增长6.2%和26.1%。
油茶等木本油料产业具有生态效益和经济效益兼备的优势。近年来，文山州以云南省加快木本油料产业发展为契机，大力发展以油茶、核桃为重点的木本油料产业，计划到2015年建成木本油料基地500万亩。2012年底，已建成油茶基地153万亩、核桃基地187万亩;实现年产油茶籽937.5万公斤、茶油及附属产品1500吨，年产核桃200万公斤，总产值近10亿元。基地面积的扩大，带动了加工企业的发展，涌现出了云南云岭茶油有限公司等5户省级龙头企业，其中云南云岭茶油有限公司被国家林业局认定为“全国油茶重点企业”。