1、药材经营门槛低
多年来，中药材专业市场在促进中药材流通、调剂市场余缺等方面发挥了积极的作用。但是，由于中药材经营治理属于非许可类治理，造成中药材专业市场内中药材经营具有很大的流动性和隐蔽性。中药材专业市场大多都设在药材的集散地，经营相对集中，每个药市都有上万人从事药材经营。由于没有集中的药材库存条件，每个经营者所经营的中药材大多都存放在自己的家中和临时设置的仓库，不具备仓储保管条件，缺乏必要的治理，影响中药材质量，加之一些唯利是图的不法经营者，在中药材里掺杂使假，利用中药材专业市场这个销售平台销售假劣药材，超范围经营中药饮片，有的市场甚至成为假劣中药材和假劣药品的集散地，成为无证药品经营者的“乐园”。
2、质量管理机构不健全
专业市场内质量监管人员严重匮缺，加之经营人员药学知识贫乏，辨别中药材真伪的能力差，质量意识淡薄，导致掺杂使假、以假充真等违法违规行为时有发生。目前，药材质量的日常监督只能靠药品监督管理部门派人到市场内，倾力死守几千个摊位、上万名购销人员，但仍然是杯水车薪，药材质量无法保证，国家抽验药材不合格率居高不下。
3、实行“个体＋多头”的监管模式，难以形成长效机制
“个体”监管就是政府监管部门直接对市场内成千上万的经营商户进行监管。“多头”监管就是多个政府监管部门分别把关，即各级药品行业主管部门实行行业管理，帮助市场主办单位搞好中药材专业市场的各项配套设施建设，建立质量检测、市场信息、业务培训等各项服务工作制度；卫生行政部门制定市场产品质量检查制度，通过监督抽样和日常的监督检查负责中药材的质量管理；工商行政管理部门负责维护市场经营秩序。这种“个体＋多头”的监管模式不仅消耗了大量公共资源，而且也很难形成长效机制，监管效率低下。事实上，政府监管部门对中药材专业市场的监管大多是通过专项整治活动进行的，结果是“专项整治年年搞，问题年年出”，每次整顿都取得丰硕成果，但假劣中药材和非法经营行为却屡禁不止，17个中药材专业市场普遍存在管理责任不明、质量难以控制、市场管理主体不明确的复杂情况。
4、政策导向滞后
中药材专业市场的相关标准、条件许可等政策性规定，没有根据药业经济的发展变化及时调整，市场无序状态日益严重，这种无序状态从根本上损害中药材专业市场的竞争力和市场声誉。2003年，我国政府承诺允许国外公司介入我国医药商业，面对实力雄厚的国外大集团、大公司，中药材专业市场内的药材种销户出路何在，应引起各级政府部门的高度关注。
5、硬件设施严重老化
安徽亳州、广东普宁、四川成都等中药材专业市场，都改造了原有设施和设备，经营条件和管理状况有了较大改观。但部分三级中药材专业市场的硬件设施仍滞留在90年代验收时的水平，交易场所脏、乱、差，更谈不上配备现代化的电子商务、物流配送等设施，不符合规模发展的要求，不符合市场经济的需要。
6、舆论导向产生不良影响
中药材质量监测报告、央视等新闻媒体对假劣中药材的曝光监督，虽给市场管理者、经营者敲响了警钟，但在一定程度上对中药材专业市场的声誉造成了负面影响。药市整顿每次都采取“关、卡、停”的一刀切方式，在净化市场的同时，也伤及无辜大众，最终让市场伤痕累累。