审计署16日发布2011年第7号公告，公布“45个县市区新型农村合作医疗基金审计调查结果”。审计署社会保障审计司有关负责人在回答记者提问时指出，新农合基金的管理使用总体情况也是好的，但也存在少量违纪违规问题，部分乡镇卫生院利用虚假病历获取新农合补偿。
该负责人称，从审计调查情况看，新农合制度较好的完成了政策目标，基本实现了农村地区全覆盖，切实缓解了农民因病致贫、因病返贫问题，减轻了农民因疾病带来的经济负担，给农民带来了实实在在的好处，促进了农村基层卫生条件的改善和服务质量的提高，同时也为加快建设覆盖城乡居民的多层次医疗保障体系奠定了基础。
该负责人指出，新农合基金的管理使用总体情况也是好的，但也存在少量违纪违规问题，主要表现在：一是个别县市政府有关部门挤占挪用新农合基金用于发放企业职工基本养老保险金等；二是少数县市新农合经办机构审核把关不严擅自扩大补偿范围和提高补偿标准；三是部分乡镇卫生院利用虚假病历获取新农合补偿。
该负责人表示，审计调查也发现在新农合政策执行和管理方面仍存在一些需要研究解决的问题，如基本药物制度中的药品采购有待进一步规范、新农合制度的保障水平有待进一步提高、信息化建设有待进一步加强等。对审计调查发现的问题，审计署已依法出具了审计调查报告，各地进行了积极整改，相关部门也在积极研究完善制度。