医院的前身是我国现代儿科医学奠基人诸福棠院士于1942年创建的北平私立儿童医院，至今已有60余年的历史。
1979年医院成立了北京市儿科研究所。1994年医院更名为首都医科大学附属北京儿童医院，1996年被评为三级甲等医院。
病房内景
医院是国内著名的儿科医疗中心，设有专业病房24个，病床970张，年门诊量210余万人次，住院病人3万余人次，手术1.3万例。现有职工1600余人，其中医技人员1293人，有高级职称190余人。
2006年3月18日医院成立了北京新世纪儿童医疗保健中心。中心紧临门诊楼，总面积达8500平方米。中心按照国际标准，由西方医院管理集团管理，获得美国医疗保健质量标准（JCAHO）认证。
拥有108个私人病房和一套完整的诊疗服务系统，同时拥有北京儿童医院和欧美专家团队提供技术支持，并由国际建筑师设计的一家极具风格的医院，营造出温暖的、家庭式诊疗环境，使患者及家人享受到高质量的医疗服务。
