医药行业分析师郭凡礼指出，新医改政策对医药行业来说是一个很好的契机，虽然医院及医疗机构对基本药物目录实施后仍然有对未进入基本药物目录的药品有一小部分的自主选择权，而且药品数量不能超过基本药物目录所有品种的5%，还需要向相关部门备案，但还是会对千辛万苦才进入基本药物目录的药品产生一定的影响。
郭凡礼同时表示，从另一个方面来看，国家对医院及医疗机构做太硬性的规定、让所有患者都使用一种相同的药物也不是一件好事，国家虽然给基层医疗机构一小部分自由选择权并预留了调整的空间，虽然5%看似不多，但从整个国家的范围来看，这也是很大的一部分市场，但目前来看，并没有就如何监管这5%的自主权的相应的措施出台。
中投顾问产业研究中心认为，对于医院及医疗机构这5%的自主选择权如果没有一个相关的监督措施出台，则很难保证在基本药物目录在经过漫长的等待出台后依旧达不到预期的效果，因此，我们预测在基本药物目录出台后国家会相继出台一些补充条例对医院及医疗机构5%的自主选择权进行规范，使我国医改持续健康的推行。
