《指导意见》是为加强中央预算内专项资金项目县级中医医院建设管理，发挥最大投资效益，依照《中医医院建设标准》制定的。项目建设完成后，县中医医院的基础设施条件要得到很大改善，彻底改变房屋不足与陈旧、基本医疗设备短缺的状况，在传染性疾病和地方病防治中能更好地发挥中医药的作用，急诊急救能力提高明显，成为当地急诊急救网络的重要成员单位。中医药特色优势更加突出，具有中医特色的临床科室达到10个以上，中医药治疗率或中西医结合治疗率在原有基础上分别提高10%，每个项目单位建成不少于1个省级以上重点中医专科(专病)或3个以上市级重点中医专科(专病)。县中医医院床位数与区域内人口总数之比原则上宜按每千人口0.22～0.27张床测算，建设项目人口稀少地区可适当上浮。
《指导意见》指出，县中医医院是基层医疗卫生服务体系的重要组成部分，是当地农村中医药工作的龙头，是农村中医药(民族医药)医疗、预防、保健中心，承担农村中医药(民族医药)预防保健、基本医疗等任务，接受乡村两级卫生机构的转诊，承担中医药(民族医药)诊疗技术的挖掘整理和适宜技术推广、乡村中医药(民族医药)人员培训及业务指导等任务。
建设目标是通过不断加大投入，深化改革，加强管理，使建设单位成为适应群众需求，建设规模适度，设施设备齐全，服务功能完善，人员结构合理，中医特色突出，专科(专病)优势明显，疗效水平较高，服务质量优良，运行机制良好，费用控制严格，可稳步持续发展的综合性中医医院，为推进中医药继承与创新，弘扬中医药文化，满足人民群众健康需求提供良好保障。
健全基层医疗卫生服务体系是新医改五项重点工作之一，中央3年内重点支持2000所左右县级医院(含中医院)建设，和该指导意见同时下发的还有关于县医院、中心乡镇卫生院、村卫生室和社区卫生服务中心的建设指导意见。在中心乡镇卫生院和社区卫生服务中心的建设指导意见中，对中医科、中药房的建设也有明确要求和规定。