目前，公立医院改革的困难之一在于政府如何制定对公立医疗机构的补偿政策，《中共中央 国务院关于深化医药卫生体制改革的意见》明确提出，推进公立医院补偿机制改革，采取政府购买服务的新模式，明确了政府主导与市场机制相结合的原则。政府出资为公共卫生全额买单或为基本医疗服务部分买单，是“政府主导”的体现，而政府具体的补偿方式则是引入市场机制，基本医疗服务将由政府、社会和个人三方合理分担费用。今后，市场竞争会越来越激烈，计划经济时代的管理模式将逐步被市场经济模式所取代。不久的将来，药费支出比例应该是：国家∶社会∶个人的比例是3∶4∶3；而之前上海已提出在2012年实施的政策是：国家∶社会（地方）∶个人的比例是3∶5∶2，这是件很了不起的事情。
说实话，将医和药真正分开的确有一定的难度，所以才提出要先试点。在医改方案出台之前，曾有一种说法，把“医药收支管理分开”，改为“探索公立医院门诊药房改制为零售药店等医药分开”，但是在正式文件上并没有体现，这说明要实现医院门诊药房社会化并非易事，国家还要考虑到综合平衡、协调发展等其他问题。笔者估计，将来会出现这样的趋势：
——医院用药将发生变化。
以三甲医院为代表的高端医疗市场上，高端用药（创新药）所占比例将逐步提高。由城市社区、农村医疗机构组成的低端市场是基本药物和常见病用药的主要消耗区。
上海医工院信息中心曾对采样的上海31家二、三级医院处方进行分析，发现这些医院使用的医保甲类目录的比例仅为10%左右，由于《基本药物目录》可能与《医保目录》中的甲类药物目录具有高度的重合性，所以，这种医院用药结构仍是今后关注焦点和研究的重点。也就是说，这类医院将是医药代表拜访的重点和学术推广的重点。
——建立基本药物生产供应保障机制。
一是组织公开招标采购。基本药物与现有非基本药物招标并行，基本药物将按计划实行招标采购，国家基本药物纳入各省市药品集中采购目录，并优先列入招标采购计划。具体办法是：各省招标定品种（即定厂家、定品牌），地市招标定配送，即确定配送企业。所以，我们要更多地关注国家有关部门对民营医院与药品零售药店实施的药品招标办法。
二是加强生产和配送的管理。根据《物流业调整和振兴规划的通知》精神，国家将物流作为十大振兴产业之一。今后，将会有更多的资源投入到物流业的建设中。医药物流第一次明确作为物流业的分支在全国性的正式文件中提出，这是对其经济基础地位的一种肯定。目前，我国医药物流业还没有形成在全国具有明显垄断优势的企业，今后，制药企业加速把自身的物流部门向第三方医药物流企业转型，也将成为我国医药行业的一个阶段性趋势。同时，对基本药物的生产与供应企业加强监督，从而保证药品供应链正常运转。
——合理制定基本药物价格。据说，新的药品价格政策已在讨论之中，新的药品单独定价方法行的出台，将关系到医院高端药品的使用。所以，行业也要关注各地的配送费，尤其是零差率药品的配送费。由于各地是自定采购价，所以，有关单位要做好不同地区因为经济发展水平不一而发生配送费有所差别的思想准备。
基本药物的最终价格取决于实际交易中的地方政府招标采购价，所以，药品的招标采购将直接影响到医院用药的水平