根据安排，卫生部将负责监督试点地区制定公立医院布局调整规划，鼓励社会资本投入医疗服务领域；探索政事分开和管办分开的有效形式，完善医院法人治理结构，推进人事制度改革；并加强公立医院运行管理，建立以公益性为核心的公立医院监管制度。
《工作安排》同时要求，卫生部拟定全国统一的医院电子病历标准和规范以及100种常见疾病临床路径，在50家医院开展试点。
《工作安排》强调，公立医院改革按照先行试点、逐步推开的原则进行。2009年在东、中、西部地区选择12个左右具备一定条件的地级市，在100所左右公立医院进行改革试点，探索公立医院维护公益性与提高效率的具体实现形式。
