根据卫生部定义，出现呼吸衰竭、感染中毒性休克、多脏器功能不全及其他需进行监护治疗的任何一种严重情形，即为甲型H1N1流感危重病例。省卫生厅通知要求，各地要集中资源全力救治重症和危重病例，并规定：重症病例仍收治于市级传染病专科医院；以市域为单位，将甲型H1N1流感危重病例集中收治于各市三级甲等综合医院；有条件的县域内二级甲等综合医院也可以收治危重病例；可以指定本地儿科和妇产科技术力量较强的儿童专科医院、妇产医院以及其他设儿科、妇产科的三级综合医院，收治≤5岁的儿童危重病例和孕妇危重病例；不符合转运条件的危重病例，实行就地救治，以市为单位组织专业团队赴现场全力救治；指定省人民医院为全省国（境）外危重病例集中收治医院。
省卫生厅12月1日通报：11月28日、29日，扬州市和南京市分别报告1例甲型H1N1流感死亡病例，这是我省第一、二例死亡病例。
第一例死亡患者为男性，54岁。11月20日，患者因腹部胀痛不适4天到扬州市第一人民医院就诊。入院后，经对症治疗，患者病情持续加重，伴双肺炎症、慢性心衰、多器官功能损伤。为进一步明确诊断，25日医院采集患者咽拭子标本送检。26日，患者经抢救无效死亡。
第二例死亡患者为女性，30岁。11月27日，患者因持续发热、伴腹泻、腹痛到南京鼓楼医院就医，被诊断为急性肠梗阻、上呼吸道感染、感染性休克收治入院，28日被确诊为甲型H1N1流感危重病例。患者患系统性红斑狼疮12年，并患有狼疮性肾病、脑梗伴偏瘫等基础性疾病。28日晚，患者病情加重，经抢救无效死亡。
据南京市疾病预防控制中心主任李解权介绍，季节性流感每年都会引起全球几十万人死亡，甲流的死亡率并不比季节性流感高。从今年起卫生部改变了病死因报告方法，今后患者死亡，无论其有无基础病史，只要确诊其是甲流患者的，死因报告一律报为甲流。这样，今后甲流死亡病例报告数还会持续增多。
广东有报道说患甲流的孩子出现神经系统病变。专家认为，这应该是偶发现象，或者是这些孩子正好有神经系统缺陷，不代表甲流病毒发生了变化。目前，甲流病毒的传染力、致病力都没有发生明显变化，大家不必担心。预防甲流最有效的方法，仍是提前注射疫苗。另外要勤洗手、多开窗透气和锻炼身体，有心脏病、糖尿病等基础病史的老年人要及时服药。
