在北京市卫生局和北京市卫生经济学会联合召开的“公立医院成本核算与财政补偿机制改革研讨会”上获悉，北京市在已经开展多年的以政府为主导的医疗机构成本核算工作基础，研究制定了针对医疗机构的新型财政补偿政策， 实现了中央医改方案中提出的要对医院政策性亏损给与补偿的政策要求。据了解，这样大规模以政府为主导的区域性医疗机构成本核算在全国还是首次。
在北京市的影响和带动下，目前全国已有300多家大、中型医院使用“基于北京市已全面推广的医院科室全成本核算”的理论方法和应用软件，部分地区参照北京模式开展了属地推广工作。
为加强医疗机构的经营管理，帮助和指导医院开展医疗成本管控工作，达到节约资源，降低成本和为政府改革财政补偿及价格调整奠定基础的目的，北京市早在2003年就启动了医疗机构的全成本核算工作。
此项工作是在北京市卫生局、北京市财政局共同组织领导下，在经历了两年多的理论研究、制度建设、软件研发和试点工作后，于2005年首先在市区所属的57家二、三级医院完成了全成本核算的推广实施工作，核算出各医院及其全部科室的成本状况。在此基础上，又积极开展了针对医疗项目成本核算理论方法的研究和软件开发。
目前，已在11家医院累计完成了2万余个医疗项目的成本核算。通过对这些项目的盈亏数量、收益状况、保本点状况等进行全面对比分析，可以掌握医疗项目的实际盈亏数以及盈亏面对医院经营状况的影响程度，分析数据为政府探索和完善公立医院财政补偿办法以及合理定价提供了数据支持。
北京市在医院全成本核算和医疗项目成本核算工作中，由政府主导，摸索建立了“统一标准、统一推广、统一工具”的工作模式，基于这套理论方法、核算软件和工作模式下所开展的《医院经济管理与成本费用控制研究》、《医疗服务价格与医疗服务成本比较分析》等课题先后获得了中国卫生经济学会第七批、第八批课题优秀成果奖，卫生部规财司向全国发工作简报，介绍北京市开展的成本核算工作。
2009年9月4日，卫生部规财司组织召开了《卫生部医院成本核算理论方法》课题专家评审会，专家组对北京市开展的这项工作给出这样结论：北京市卫生局《医院成本核算理论方法》课题研究的医院成本核算理论方法较为完善，具有广泛推广价值，建议对本课题研究成果在全国推广应用。
为进一步体现公立医院公益性质，完善公立医院激励机制，落实中共中央、国务院《关于深化医药卫生体制改革的意见》（中发[2009]6号）中提出的公立医院政府补助政策，北京市于2009年制定出台了建立在医疗项目成本核算工作基础上的公立医院财政补偿方案并在北京朝阳医院启动试点。
该方案按照国家医改方案提出的要求，在基本经费补助方面，实现了对医院离退休经费的全额保障、对成本核算中确定的无保本点项目，既：政策性亏损项目给予补助，同时，设立奖励性补偿政策，在对一系列KPI指标进行考核的基础上，设立针对成本管控效果的奖励性补偿。
该方案在补偿政策上获得三个突破：一是离退休经费由定额补助调整为按实际补助，减轻了医院负担；二是保障了医院医疗收支的平衡，使公立医院的公益性质得以体现；三是设立奖励性补偿政策，实现了财政补助对医院成本管控的激励作用。
下一步，北京市将在继续完善成本核算工作基础上，使这一成果为医疗价格的调整服务。同时，开展医院绩效考评及薪酬分配信息系统的建设工作，通过对医院学科建设、服务质量效果、病人满意度、财务能力四个维度的考核，建立起政府对公立医院的综合考评体系，使其成为政府评价医院和制定鼓励性补偿的依据。
