海峡两岸的医药合作历程在去年12月21日迎来了里程碑。海峡两岸关系协会和台湾海峡交流基金会的领导人共同签署了《海峡两岸医药卫生合作协议》。这份协议囊括了传染病防治合作、医药品和中药材的安全管理、临床试验及医药研发合作等实质性的内容。由此，海峡两岸的医药市场将可实现一定程度的对接。
就中药产业来看，大陆输台主要以中药材及饮片、提取物为主，保健品和中成药所占比例较小。
管理部门：中医药委员会起重要促进作用
2009年，台湾健保局支付的医疗费用总额为1323亿新台币，其中，中药浓缩制剂支付总额为63.1亿新台币，占健保总体支付药费的4.8%。目前通过台湾健保局审核，可报销的中药品种达800余种。台湾中医院年接诊量为3600万件左右。
“中医药委员会”主要负责办理中药药品查验登记、变更、展延许可证；修订中药相关法令规章；推动中药厂全面实施GMP制度；建立中药材管理制度；修订中药临床试验办法等。该委员会还负责监督对中药材的品质管理，并对中药材实施源头管理。2009年，该委员会对57种中药材品种的炮制方法进行了评估和确定，并编制了《常用中药炮制汇编》，供岛内各GMP中药厂参考。
另外，台湾方面也在中药品质标准上进行了规范，对农药残留、重金属及黄曲霉素限量均作了要求。台湾方面在落实中药材品质管制的同时，也在积极地加强中药制剂管理。
产业现状：药材依赖大陆进口，中成药质控水平高
台湾中药材以进口为主，对大陆药材依存度很高。虽然台湾本土具有药用价值的植物多达2000多种，但中药资源仍旧有限，药厂主要是通过从台湾以外地区进口中药材，然后将其加工成制剂上市销售。
台湾中药材的年进口额一般为24亿新台币左右（不含提取物和以食品名义进口的），主要是人参产品，占药材进口总额的28.5%。进口药材中60%～70%来自大陆，大陆为台湾许多药材的单一进口来源地。台湾目前用量最大的药材分别为人参、当归、枸杞、黄芪和川贝。台湾用量最大的药材饮片分别为当归、熟地黄、甘草和川芎。
来自大陆药材带动的终端产品总值达到680亿新台币。目前来自大陆的中药材的6.2%主要用于生产中药制剂，另30%主要应用于食品加工（香料、调味料和保健食品原料），还有33.8%用于中药房（中医师方剂、药膳食补方剂和民俗疗法原料），最后的30%用于动物饲料添加剂、化妆品原料和环境卫生用品原料等方面。
中草药成为台湾保健食品的主要原料，功能以降血脂为主。目前在台湾已经通过保健食品认证的产品达190多种，其中70多种（接近4成）以中草药为原料，成分以茶叶、人参和真菌类为主。中草药保健食品以降血脂比重最高，保肝居次，之后为免疫调节和抗疲劳，这4种功能产品占全部中草药保健食品的80%以上。整体而言，在台湾卫生署通过的13项功效认证中，除牙齿保健、辅助调整过敏体质和调节血压外，其他10项功效中都有中草药产品