灰指甲包括甲真菌病，却又不仅限于甲真菌病，银屑病（牛皮癣）、慢性湿疹、扁平苔藓等引起的甲病度属于此范畴。
甲真菌病的致病菌分别为皮肤癣菌、酵母菌和霉菌3类。
需要和甲真菌病鉴别的非真菌性的有很多，以下几种比较常见：
银屑病（牛皮癣）：指甲银屑病（牛皮癣）的发病率较高，其中的针孔型或凹点型很容易识别。另有一种角化型，患甲也呈灰褐色，甲面粗糙不平，甲下角化增厚，与甲真菌病很相似，但甲质没有破坏。甲周皮肤与身体其他部位可见典型银屑病（牛皮癣）损害。甲屑真菌镜检查不到真菌。
慢性湿疹：指甲改变没有特异性，可类似指甲银屑病（牛皮癣），但甲质不被破坏。手掌、手指、手背多有湿疹的皮疹。甲屑真菌镜检阴性。
扁平苔藓：指甲可增厚或变薄，颜色不定。不同于甲真菌病是甲板上有纵沟、纵嵴、裂缝或甲胬肉外观很特殊，它起于近端甲床与其上的甲皱褶融合，造成部分甲板缺皱，皱缩成小团。甲真菌病没有这种损害。