一、中药材流通模式呈多元化态势
首先，专业市场与众多道地市场和集贸市场并存。尽管全国只保留了17家中药材专业市场，但事实上随着各地支持地方中药材产业的发展和市场需求的扩大，全国各地又新形成了很多未经国家批准的政策外市场。目前全国大概有100多家季节性道地产区的中药材市场和数以千计的中药材集贸市场。
其次，绕过交易市场的流通模式层出不穷，如一些规模较大的饮片生产企业和中药生产厂家直接到产地、产区收购，直接与农民签订定单；一些大的制药企业自行开办中药材种植基地，不再从市场收购。
第三，现代信息化手段催生了众多新的中药材流通模式，如连锁经营、网上交易、期货交易等新业态。
二、中药材专业市场都在积极寻求转型发展
本世纪初以来，17个国家批准的中药材专业市场普遍开始走下坡路。原因有多方面：一是中药材和中药饮片分开经营，使得大量原来从事中药饮片的交易商被挤出市场；二是新的交易模式压缩了传统交易，大量制药企业绕过交易市场开办中药材种植基地或者直接从产地采购；三是专业市场的交易方式相对落后，缺少电子化、标准化等现代交易手段，难以适应中药现代化发展的要求；四是市场内“以假乱真、以次充好”顽疾难除，极大地损害了交易市场的持续发展。
为适应市场环境的变化，中药材专业市场不得不走上转型发展的道路，具体措施包括企业化改造、改进市场交易手段、扩大经营范围等等。但目前仅有个别专业市场完成了企业化改造，开始走上了快速发展的道路，大部分市场仍然还在积极探索中。
三、中药材专业市场面临重新洗牌，一些地区设立专业市场的需求强烈
国家批准设立17个中药材专业市场已有近16年，期间没再批复设立新的专业市场。当前的环境已今非昔比，随着各地中药材产业的不均衡发展，一些原来较为繁荣的市场逐渐萎缩，而其他一些中药材主产地、加工地或出口地对设立市场的要求越来越强烈。如厦门市为建成海峡西岸中药材出口加工基地，提出要设立全国第18个中药材专业市场；吉林是我国重要的中药材种植基地，近几年建成了大批中药材GAP基地，同时自发形成了众多道地大宗中药材的集散地，如抚松万良镇成为全国最大的人参集散地、舒兰市成为全国最大的林蛙油集散地等等，迫切需要在省内建立一个大规模的中药材专业市场。
四、对中药材专业市场实行“个体＋多头”的监管模式，难以形成长效机制
“个体”式监管就是政府监管部门直接对市场内成千上万的经营商户进行监管。“多头”式监管就是多个政府监管部门分头把关，即各级药品行业主管部门实行行业管理，帮助市场开办单位搞好中药材专业市场各项配套设施建设，建立质量检测、市场信息、业务培训等各项服务工作制度；卫生行政部门制定市场的产品质量检查制度，通过监督抽样和日常的监督检查负责中药材的质量管理；工商行政管理部门负责维护市场经营秩序。这种“个体＋多头”的监管模式不仅消耗了大量公共资源，而且也很难形成长效机制，监管效率低下。事实上，各级及各个政府监管部门对中药材专业市场的监管大多是通过专项整治活动进行的，结果是“专项整治年年搞，问题年年出”，每次整顿都取得丰硕成果，但假劣中药材和非法经营行为却屡禁不止，17个中药材专业市场普遍存在管理责任不明、质量难以控制、市场管理主体不清的复杂局面。