中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，首先，在最近国家允许地方政府可以增加基本药物目录外的药品方面就有很大的一点担忧，基本药物目录现在确定为300多种，这300多种药品是在“基本、基础”的条件下一步步筛选得来，可谓来之不易，然而，省一级的政府有了自主权后，怎样保证增补的多少、增加什么品种在没有进一步监管政策出台的情况下有可能使好不容易才“瘦身”成功的基本药物目录再度臃肿，从而使基本药物目录达不到预期效果。
郭凡礼同时指出，其次，基本药物目录从草稿到如今基本制订都没有征求过公民的意见和建议，群众是基本药物目录使用的主体和接触基本药物目录最直接的人群之一，他们不仅对药品有需求，同时也对药品的价格和疗效都有最直观的感受，但是我国除了各部委的相互利益追逐以及给药品生产企业发放征求意见稿外，对广大人民群众的意见却从未征询，这不利于基本药物目录达到更好的要求。
中投顾问医药行业研究员郭凡礼认为，最后，我国的基本药物目录如果正式颁布，其相关的配套政策可能跟不上需求，如在报销比例上，如何保证基本药物的报销比例是高于非基本药物的；在药物的选择上，如何保证医院及医疗机构把基本药物目录里的药品作为治疗药物的首选；在药品的零差率销售上，又该如何补偿医院及医疗机构的利润损失，这些都是基本药物目录发布后不得不考虑的问题。
中投顾问发布的《2009-2012年中国中药行业投资分析及前景预测报告》指出，基本药物目录是我国新医改下的首个实质性的配套措施，它的发布将对整个医改开题的成功与否有很大的影响，因此，我国应该加强对增补药品的监管，广泛征求群众意见，尽快出台相关配套措施，以使基本药物目录成为一个合理、有效、规范的药物目录。
