中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，首先从政府组织招标采购上来看，很多药并不是只有一个药企来进行生产的，如果是技术含量低的药品，有可能有几十家药企都有能力生产，这就带来一个问题，各省政府如何去选择，虽然政策上要求公平、透明，但并不能保证各省政府对自己省内企业的偏心。
郭凡礼指出，其次，从药品的配送方面来看，此次进入基本药物目录的药品要求由政府出面招标并由企业统一配送，这也可能会成为滋生地方保护主义的一个捷径，如果政府招标的流通配送企业是国有企业，则很有可能不但的不到减少流通费用的目的，还可能增加这部分费用，而且可能还会滋生腐败。
第三、从药品的价格方面来看，基本药物目录中药物的招标采购和目前进行的挂网采购是否采用同一个平台进行还不得而知，如果不按同一个平台进行，那可能会出现同一个药品在两个招标系统中价格不同的现象，这样，到底以哪个价格为准的争论又将出现，这对基本药物制度实施又是一个考验。
最后，还有很重要的一点是基本药物目录在公立医院推行会遇到阻力，基本药物目录对公立大医院的规定是把基本药物作为首选药物优先使用，但是却未规定其使用基本药物的比例，这样一来就完全可能出现部分大医院实际上并不优先使用基本药物的情形，而且这方面并没有一个有效的监督，所以可能导致国家基本药物制度原本可能给患者带来的实惠难以落到实处。
