这意味着一些地区的老百姓要晚三个月甚至更长时间，才能享受到低廉药价的好处。
基本药物制度开始建立之初，确立了分步实施的思路。2009年的年度目标是在30%政府举办的基层医疗卫生机构建立该项制度。2010年完成60%的目标，2011年在所有基层医疗机构建立基本药物制度，2012年在县级以上医疗机构全面推行。
目前来看，该项制度第一步迈得并不顺利。目前除了江苏、黑龙江、安徽、浙江等省份下发了具体实施方案外，大多数省份尚未有实质推动，仍在制定方案阶段。
缘何推迟
推迟的一个重要原因是相关配套文件迟迟无法确定，文件出台时间被一再推后。
据悉，目前相关部委正在研究的文件包括，基本药物采购配送规定、配备使用基本药物比例规定、基本药物临床指南和处方集，基本药物目录（其他医疗机构配备使用部分）等。
由于基本药物制度是一项全新的制度，涉及生产、配送、使用、报销等各个环节，涉及药品生产商、零售商、配送企业、医院等多方利益格局的调整，地方操作时则面临平衡问题。
目前，矛盾集中在的药品的配送上，实行新制度后，由于以往多级分销体系面临改革，一些中小配送商担忧无法获得配送权而倒闭。
卫生部一位官员证实，基本药物采购配送的规定文件目前正在抓紧制定。从已公布具体实施方案的省份来看，各地做法各不相同，多位配送企业负责人向本报表示，希望能尽快看到国家层面的规定。
虽然一部分配套文件尚未公布，但大体思路已经确立。集中采购的方式可以采取公开招标、邀请招标等。配送方面，原则上由中标的生产企业自己直接配送，但也允许通过招标，委托给生产企业所在地的配送企业。但配送企业不能再度转包，进行二次委托配送。
而地方增补的药品，也必须实行集中采购统一配送。对基层医疗机构使用非基本药物，执行严格是审批制度。
此外，地方政府财力状况影响制度建立的进展。目前各地对医改投入数量不一，综合来看未来三年投入多集中300亿—400亿元之间。
兜底难
基本药物制度旨在让民众能用上价格合理、质量安全的药品。其政策框架包括制定目录、采购配送、配备使用，统一定价、报销、零差率销售、质量监督、评估等八个方面。
2009年8月17日卫生部部务会议讨论通过 《国家基本药物目录（基层医疗卫生机构配备使用部分）》（2009版），此后，国家发改委、卫生部等部委发布了基本药物零售指导价、质量监管管理、医保目录调整等相关配套文件。
按照规定，政府举办的基层医疗机构必须全部配备使用基本药物。而对于政府举办的县级以上医疗机构以及国有企业所属医疗机构，也规定都必须优先、按比例使用基本药物。
目前并未获知具体的使用比例规定，但肯定确认将会从两方面进行考察，一是对使用基本药物的数量必须占到基本药物目录一定的比例，二是销售基本药物的销售额必须占到整个药品销售额一定的比例。
基本药物制度目前正在基层医疗机构中推行，阻力相对较小，但是一个较大的争议是，村卫生室是否要执行国家基本药物制度。
目前有将近100万的村医，在农村居民疾病防治、健康教育等方面发挥着十分重要的作用。一部分研究人员担忧，村级医疗机构是自负盈亏的，和镇卫生院、县医院人员有财政保障不同，一旦实行基本药物制度，村医失去了保持基本利润水平的途径。
眼下，一些省份对村卫生室进行政府补贴。如安徽省就在32个试点县中，对实行一体化管理的村卫生室进行补助，按照每1200户籍人口1名村医，每名村医年补助8000元。
