伴随着医院药房托管而来的不仅是医药流通行业结构的加速整合，医院药品采购环节也将受到重大影响。事实上，目前对药房托管最大的质疑方之一正是来自于药品生产厂商，而托管可能造成的医院供应环节的垄断进一步提高了采购环节中的降价压力，则是争议的主要原因。
在此前，药房托管阻力曾被认为主要来自于行政部门。主管医药流通的商务部门此前曾多次对药房托管进行调研，并开展了许多工作以推动药房托管和医药分离的进一步推广。但卫生部门对此态度则相对谨慎。现卫计委副主任王国强此前即表示，药房托管的主要难点是药房的安全，前卫生部相关人士亦对记者表示医药分开并不意味着要将医院药房剥离。
但最近一段时间各地重新加速药房托管的过程中，许多地方行政部门已成为主要的推动力之一。多家医药流通企业负责人均对上证报记者表示，目前在业务推广过程中政策层面上没有太多障碍，医院和地方卫生部门对此自主决定权较大，目前的难点还是在于相关医院管理部门负责人本身是否有观念上的转变。
而在用药安全考虑上，无论是药房托管还是院内物流配送托管，目前医院也已采取了许多配送措施保证用药安全。
北大人民医院院长助理刘帆即对记者表示，在院内物流改造前，医院已完成了内部药品耗材的进销存管理整合、医院采购B2B统一平台建设、合理用药的软件监管、移动护理监管等一系列工作，“最后一步才是院内物流的改造，只有每个环节都到位才能保证整体的用药安全。”
争议当前更多来自于药房托管后随之而来的更高的药品让利要求。“药房托管后医院对接医药经营企业的大幅度减少也极大减少了药品流通环节，”湖北此前开展药房托管试点医院相关负责人表示，“客观上流通环节中的利润空间已经被挤压，医院经营企业为获得预期收益必须控制药品流通过程的成本，因此企业与医院的利益关系虽然还在，但与医生的利益链已一定程度受到影响。”
上述湖北鄂州相关医院此前试点数据即显示，实施药房托管后，在原先药价基础上通过让利方式患者药品费用降低5%，实施托管10个月内即直接从处方上让利患者近300万元，药品费用总水平也因大处方和高价药的使用减少而明显降低，药品费用占比从实施前同期的平均47%下降4个百分点至43%。
今年7月，药房托管试点进一步扩展到鄂州所有4家公立医院后，据测算每年4家公立医院可向患者让利规模更是达到3000万元左右，医院每年本身也可节约成本支出约2000万元，“群众进一步获得实惠。”上述负责人表示。
然而世上并无免费晚餐，无论群众实惠或医院成本节约，其来源都是生产厂家将承受更大的降价压力。“药房托管的受益者一是医药流通企业，二是医疗机构，患者也可从中间接受益，唯一的受损者是药品生产企业。”一业界人士即对此坦言。
“现在出现的药房托管是打着医药分开的旗号实现一种新型垄断。”步长制药总裁赵超亦曾直言不讳表示。
目前在一些药房托管地区，药品生产企业生存空间受挤兑压缩的情况已有发生。一湖北当地制药企业市场部门人士即对记者抱怨，医院药房被少数医药流通企业托管后在招标时往往在原招标价格上要求进一步让利，其幅度普遍在30%以上，部分甚至达到五成，以至于出现即使生产厂商药品进入了医院采购目录也没法实际销售的情况，许多企业已开始想方设法另辟蹊径，如打通零售渠道以弥补业绩。
“变相垄断的结果只能是厂家不供货，医院无好货。”业界人士坦言，所谓药房托管后进一步让利和现在暧昧不清的医院二次议价没有实质区别，如此大幅度的让利前提下根本难以保证供应药品的质量，虽然能够获得一时让利，但最终受损的很有可能还是患者。
实际上，即使目前正在开拓托管业务的医药流通企业一方也意识到了相关问题，国药控股副总裁卢军此前即曾表示，在医院新的补偿机制没有成立之前，药房剥离并没有真正意义，反而会因为医院还是以药品收入作为补偿的同时自己不去经营，企业托管医院药房必然遭遇“被套牢”的尴尬而更加危险，此前药房托管在南京的尝试即遭遇了类似问题。
相比之下，直接将药房从医院剥离在部分人士看来是更好的做法，即无论自己经营还是委托企业管理，医院都不再设立药房，完全实行药房社会化则可一定程度上避免垄断问题。
而据记者了解到，此前商务部也对此曾开展前期调研，并亦提出了试点建议，如从一线城市社区医院开始尝试剥离药房等。对此此前参与调研的社科院经济研究所研究员朱恒鹏亦表示，大型药品销售连锁企业在城市的供应和药事服务能力目前已完全可以应对改革。
但此项改革由于在步伐上迈得比药房托管更加大胆，改革阻力也较之大幅提高。医院相关人士表示，未来改革还有赖于医保定点资格的进一步向社会化药房扩大。